幽门螺杆菌检测方法有多种，如碳14/碳13呼气试验、尿素酶快速试验、血清抗体检测、胃黏膜组织学特殊染色、粪抗原检测、细菌培养分离、基因分子检测等，选用要从敏感性、准确性、简便性、经济性多维度评价。目前来说，碳14呼气试验符合敏感性高、准确性高、简便经济的要求，但检测前4周用过抗生素和质子泵抑制剂的可能出现假阴性，此外哺乳期、孕期、小儿不宜使用（可选碳13，价钱较高）。尿素酶快速试验、黏膜组织特殊染色受取材部位局限，没有取到细菌定植部位就检测不出来。血清抗体检测不能确定是否现症感染，对治疗用药无意义。细菌培养最准确可靠，但受试验条件限制一般二级医院做不了且价格昂贵。 其他方法不常采用。
