为防止植物危险性有害生物转入我国，保护我国水果生产安全和人民身体健康，国家检验检疫局1999年底发布了新的《进境水果检疫管理办法》，并已于2000年1月1日起实施。
该《办法》明确：国家检验检疫局统一管理全国进境水果的检疫审批工作，各地出入境检验检疫机构负责所辖地区进境水果的检疫和监管工作。该办法适用于从境外输入的新鲜水果及茄科蔬菜中的番茄、辣椒的检疫。
《办法》中严格规定：
1．*止输入地中海实蝇发生国家或地区生产的水果。来自疫区以外的**次对中国输出的水果品种，必须经有害生物风险评估，并须与输出国家签订检疫议定书后，方可进口。*止携带、邮寄水果进境。
2．货主、物主或其代理人输入水果前必须事先申请，并在贸易合同或者协议签订前办理检疫审批手续。办理该手续须符合下列条件：输出国家或地区无重大疫情；符合中国动植物检疫法律法规的规定；符合中国与输出国家或地区签订的有关双边检疫协定（含检疫协议、备忘录等）。
检疫审批的程序是：报检人填写《进境动植物检疫许可证申请表》，向国家检验检疫局提出申请。其中供展览用的进境水果必须经展览会所在地检验检疫机构签署意见；供直通车船、关前免税店、涉外酒店等使用、销售的进境水果，须经进境口岸检验检疫机构签署意见。经国家检验检疫局审核，对符合要求的签发《许可证》，不符合要求的，不予签发，并告知理由。办理审批手续后，如有变更进口水果的品种或增加数量的，或变更输出国家、地区的，或变更进境口岸的，或超过检疫许可证有效期的，则要重新办理审批。
3．报检人要在水果进境前或进境时向入境口岸检验检疫机构报检，并提交《进境动植物检疫许可证》，输出国家或地区政府动植物检疫机关签发的植检证书及产地证书、贸易合同、**等单证。如无上述植检证书，或未依法办理检疫审批手续，入境口岸检验检疫机构可视情况作退回或销毁处理。在港澳地区采购的水果，如确无法提供官方植检证书的，凭国家检验检疫局确认的有关港澳农产品检验机构出具的证明文件和上述单证报检。边境小额贸易进境水果，因贸易条件限制而无法提供植检证书的，应事先征得直属检验检疫机构的同意。
4．水果进境时必须符合的检疫条件是：符合中国与输出国家或地区签订的双边检疫协定及其它要求；不带有中国*止进境的植物危险性有害生物；不带有枝、叶和土壤；以原包装进口，有明确的产地标记。进境水果经验疫合格的，签发《检验检疫通关单》，准予进境；对发现植物危险性有害生物或超过规定标准的一般性病虫害，须作除害处理。处理合格的，准予进境；检疫不合格又无有效方法作除害处理的，作退回或销毁处理。
5．国家检验检疫局对向中国输出水果的国外果国、加工、存放单位实行注册登记制度。供展览用的疫区水果，须事先向国家检验检疫局申办特许检疫审批手续，展览期间须接受检疫机构监管，未经许可，不得擅自使用、赠送、销售或调离，遗弃的水果也要在其监督下处理。供港澳直通车、船或关前免税商店销售的进境水果，检疫合格后分装于经检验检疫机构监制的密封袋中。凡来自动植物疫区的船舶、飞机、火车，发现有*止进境水果的，须作封存或销毁处理；作封存处理的在中国境内停留或运行期间，未经检验检疫机构许可，不得启封动用。
